Le tamarin empereur est un membre de l’ordre des Primates. Ses yeux sont dirigés vers l’avant, ce qui lui procure une vision binoculaire.
Cependant, il se différencie de la plupart des primates par ses membres à 5 doigts qui se terminent par une griffe au lieu d’un ongle plat et ses mains aux pouces non opposables.
Il appartient au sous-ordre des Simiens (singes) ou Haplorrhiniens (primates à nez simple). Il possède donc une face plate et un vrai nez, contrairement aux lémuriens (ou Strepsirrhiniens).