L’hippopotame pygmée est quinze fois plus petit que son cousin amphibie. Autre différence, il vit dans des forêts de plaines tropicales humides et non dans la savane. Il s’installe essentiellement dans des marais ou au bord des rivières et passe la journée dans l’eau. Le soir venu, il rejoint les sous-bois où il creuse des galeries de verdure pour y passer la nuit. Il se repère olfactivement en balisant les sentiers avec ses crottes. Solitaire et sédentaire, l’hippopotame pygmée établit son territoire sur une zone pouvant atteindre 10 km². Il y trouve son alimentation composée de feuilles, de fruits et avec ses grosses incisives, il parvient à déterrer les racines dont il est friand.
Espèce très rare dans la nature et très difficile à observer, sa population ne compterait pas plus de 2 500 individus sauvages.